Program malega nogometa predstavljata trenutno delovanje NK Jurij in NK Grmovlje, ki tekmujeta v 1. medobčinski ligi Šentjernej-Škocjan in sta preteklo sezono 2004/2005 končala na 2. oziroma 3 mestu.
Program košarke predstavlja delovanje košarkarske ekipe KK Škocjan, ki sodeluje v medobčinski rekreativni ligi v Novem mestu in se redno uvršča v sredino lestvice.
Program velikega nogometa obsega predvsem sodelovanje z NK Šentjernej, ki je v preteklosti že nastopal v 3. slovenski ligi, trenutno pa je v fazi mirovanja.
Program rokometa znotraj ŠD Škocjan je namenjen predvsem podpori ŽRK Škocjan, ki uspešno nastopa v 2. slovenski ligi, pred 2 sezonama pa so se uvrstili tudi v 1. slovensko ligo.
Program rekreacije se deli na 2 starostni skupini. prva obsega vse rekreativce med 10. in 40. letom starosti, druga pa starejše in predvsem upokojence. Rekreativna vadba prvih se izvaja v obliki rekreativnega kolesarstva in odbojke pod vodstvom izkušenih rekreativcev. Druga, starejša skupina rekreativcev deluje v veliki meri v skladu s programom in potrebami Društva upokojencev Škocjan.
